A ver Ricardo, pero el origen del problema es al crear archivos o directorios dentro del directorio del usuario ¿verdad? este es el problema que describís originalmente. Bajo esta situación me imagino que el archivo index.php dentro del directorio del usuario nunca llegás a crearlo, pues SAFE MODE no te lo permite.
La descripción de la causa del problema y su solución, tal vez me quedó media larga, tratá de leer la documentación que enlacé, pero en definitiva, de todas formas, lo que hay que hacer es, todos los scripts que van a operar sobre el sistema de archivos, subirlos mediante web, para que el usuario dueño de los directorios y de los archivos creados por scripts siempre coincidan con el dueño del script que opera.
La herramienta que precisás para solucionar el problema es otro script, subidor de archivos, para "instalar" el script que va a operar sobre el sistema de archivos.
¿Si? Así que la tarea comeinza por acá:
http://www.php.net/manual/es/features.file-upload.php
Si luego te surgen dudas con cómo hacer esto, pegá el grito.
Saludos.