Lo que se me ocurre asi rapido es meter los 2 frames/iframes en un <div>
Código HTML:
<div id="contenedor">
<frameset col="50%,50%">
<frame ......>
<frame ......>
</frameset>
</div> Pero claro... mm por lo que dices tampoco es el resultado que quieres, o no... Es que no entiendo exactamente lo que quieres hacer.