Pues para pasar parametrso debes hacer lo siguiente en tu codigo jsp:
1-defines en tu reporte los parametros que vas a usar
ej:
select * from tabla1 where id = ${p1} and fecha > ${p2}
2-ahora para pasar las variables a tu reporte desde tu jsp lo haces de la siguiente manera:
Código:
//cargamos parametros del reporte (si tiene).
Map parametros = new HashMap();
parametros.put("p1","12");
parametros.put("p2","15/04/2005");
//Fijate que cuando le haces el runReportToPDF le pasas como argumento los parametros definidos arriba
byte[] bytes = JasperRunManager.runReportToPdf(reportFile.getPath(), parametros, conexion);
puedes definir tantos parametros como sean necesarios, con
parametros.put("NombreParametro","Valor");