Aquí tienes documentación al respecto:
http://www.microsoft.com/spanish/msd.../aplic_sec.asp
En especial, los siguientes temas:
Cómo: Crear una biblioteca DPAPI
Cómo: Utilizar DPAPI (almacén del equipo) en ASP.NET
Cómo: Utilizar DPAPI (almacén del usuario) en ASP.NET con la aplicación de Servicios Empresariales
Cómo: Crear una biblioteca de cifrado
Cómo: Almacenar cadenas de conexión cifradas en el Registro
Saludos