No se si te he entendido bien, pero puedes hacer un script que mutesre los contenidos del directorio que quieras de la forma que tu quieras.
Un ejemplo sencillo que muestra solo los archivos con extensión TXT del directorio donde ejecutes el script:
Código PHP:
<?php
foreach (glob("*.txt") as $fichero) {
echo '<a href="'.$fichero.'">'.$fichero.'</a>';
}
?>
También podría pasarle a la función glob() el directorio donde quieres listar los archivos. También puedes hacer esto mismo o algo parecido con las funciones opendir() y readdir().
Para discriminar que archivos mostrar puedes usar las funciones tipo is_file(), is_dir(), is_link(), etc.
Un saludo