Para calcular si un valor es múltiplo de otro, lo que se hace es dividirlo y que el resto sea 0. Pues bien, la función que te permite hacer esto en mysql es MOD, por lo que creo que esto te puede ayudar:
Código:
select jugador, sum(valor)
from tabla
where dato=3
having mod (sum(valor), 3) = 0
Un saludo.