Hola
river
El menú me ha funcionado bien en Firefox.
Respecto a tu pregunta: si vas a usar el código JavaScript en más de una página es mucho mejor que lo pongas en un archivo .js Lo mismo para el código Css, deberías ponerlo en un archivo .css
El motivo de esto es muy sencillo. Imaginate que pones el código en cada una de las páginas; cualquier modificación que quieras hacerle tendrías que hacerselo en todas las páginas una por una. De la otra forma (con archivos externos) lo cambias una vez y listo.
Saludos,
