Si donde instalaste php5 es en C: y la ruta es
php-5.0.1-Win32, pues esta bien los cambios que hiciste.
El archivo prueba.php, DEBE estar en el root de Apache, o sea, dentro de apache en la carpeta
htdocs.
Te recomiendo también que leas lo siguiente:
Apache + PHP + MySql + PhpMyAdmin como módulo de Apache