Mm... hasta donde yo sé protegerlos como tal no es propiamente posible, ya que conozco varios disassemblers y se los he aplicado a varias dll y hasta ahorita no he tenido problemas en ver el source.
Pero de todas formas voy a investigar al respecto para estar 100% seguro, aunque lo dudo porque forzosamente tu code va a pasar por el MSIL y por lo tanto es accesible.
Si alguien sabe lo contrario me gustaría saberlo
Salu2