Gracias a jam y a andrecito, al fin pude encontrar una forma de arreglar el codigo y todo gracias a ustedes, se los muestro para que vean todo lo que se recorto.
$pp=".";
$cambiados=0;
$i=1;
if($cuentaarch>0)
{
while($i<=$cuentaarch)
{
$pos = strpos($nombres[$i], $pp);
echo $pos;
if($pos>=8)
{
$cambiados++;
$copiapormod=substr($nombres[$i], 0, 5);
$copiapormod=$copiapormod."_".$i;
$extension=substr($nombres[$i], -4);
$copiapormod=$copiapormod.$extension;
$copia[$i]=$copiapormod;
echo $copia[$i];
}
else
{$copia[$i] = $nombres[$i];}
$i++;
}
Gracias otra vez por la ayuda, me sacaron de un gran aprieto
