No creo que venga propiamente arreglar el problema en el web.config, pero me surgió una duda:
De casualidad trabajas con el framework 1.0 y te cambiaste al 1.1. ??
si es así revisa que en tu IIS en la parte de las propiedades->virtual directory->configuration -> app mapping ->en las extensiones aspx estén apuntando a la version v1.1.4322 del framwork.
Checalo y nos avisas que pasó ..
Salu2