.. creo entendí poco... ¿apachurrar?...... Bueno, por lo poco que entendí te diré que no hay problema en ir "sumando" cosas a una sola variable que será el contenido de tu archivo... osease que podrás hacer algo como:
for ($x=1; $x < (count($Lineas)+1); $x++){
$contenido.=$Farray [$x][];
... solo vé como puedes adaptarlo... de cualquier forma el uso de implode() está aquí ->
http://mx.php.net/manual/es/function.implode.php
Suerte!
