Cita:
Iniciado por coyote20 (...) en la BD tengo una sola tabla (...)
¿Por que usas una sola tabla? Te sería mucho más fácil utilizando varias tablas, siendo como es mysql una base de datos relacional.
De todas formas el UPDATE sería como te indicó Andrecito.
Código:
mysql_query ("UPDATE usuarios SET mensajes = "" WHERE id IN($lista)")