En
http://sourceforge.net/search/ hay bastantes gestores de ficheros en php.
Introduce en la caja Search "phpFileManager" y bájatelo. Este gestor te permite subir archivos comprimidos en muchos formatos incluidos el .zip. y descomprimirlos en el servidor. A mi no me da problema el descomprimir ficheros .zip pero con los otros (bzip, bz2, tbz2, etc) no hace nada, supongo que es por la configuración de php (utilizo easyphp). Si sabes por que no me descomprime los que no son zip avisa por favor.
Suerte.