Hola de nuevo.
Debe ser porque primero cargas una página en el iframe y luego redirecciona a otra. Intentalo de otra forma; pon este código en la página B, la que tiene el iframe:
Código PHP:
<html>
<head>
<script>
function ini() {
var direcciones = new Array("pagina1.htm", "pagina2.htm", "pagina3.htm")
aleat = Math.random() * direcciones.length;
aleat = Math.floor(aleat);
prueba.location=direcciones[aleat];
}
</script>
</head>
<body onload="ini()">
<iframe name="prueba"></iframe>
</body>
</html>
Así se carga directamente la página aleatoria en el iframe.
Saludos,