He estado probando y por ahora no logro que funcione.
Más bien sigue separando los objetos.
 Código PHP:
    require_once('fpdf.php');
require_once('fpdfExtensionsHandler.php');
 
$pdf = new FpdfExtensionsHandler();
$pdf->LoadExtension('PDF_Javascript', 'fpdf_js.php');
$pdf->fpdf->AddPage();
$pdf->fpdf->SetFont('Arial','B',16);
$pdf->SetExtension('PDF_Javascript');
$pdf->extension->SetFont('Arial','B',12);
echo 'Tamaño fpdf::'.$pdf->fpdf->FontSizePt."<br />";
echo 'Tamaño extensión::'.$pdf->extension->FontSizePt."<br />";
die(); 
    
  Me imprime
Código:
 Tamaño fpdf::16
Tamaño extensión::12
  Voy a seguir viendo qué puede estar mal. (De hecho tiene que ver con las referencias)
Saludos
