Según se ve en el constructor de FpdfExtensionsHandler.... la clase FPDF tiene que estar disponible (include?) antes de instanciar FpdfExtensionsHandler.
Mis dudas:
¿Para qué instanciamos un Fpdf automáticamente en un atributo aparte y no dentro del array $extensions_references?
Lo que veo que que no sé cómo podríamos acceder a los métodos originales que implemente FPDF.
Además me late que al hacer $this->fpdf_vars = get_class_vars('FPDF'); no estamos referenciando las variables del objeto $this->fpdf (dado a que este se crea después y no se hace un MergeExtensionVars()).
Saludos