... lo que te da formato a las tablas es el HTML... si tu error no ha sido los que te menciona acá... ve el código fuente que te imprime PHP y comparalo con el que dices te funciona... simplemente tienen que ser iguales...
Estoy casi seguro tu error se tratará de algo como lo que se mencionó acá... alguna etiqueta no cerrada.. algunas comillas faltantes... porque al fin y al cabo ho hay difrenecia entre el HTML que imprimas con PHP al HTML que generes estáticamente...
Suerte!
