Axo lo que esta claro es que mysql te esta metindo mucha carga al server,te recomiendo veas este hilo, del foro de ev1 servers que es donde yo tengo mis servidores, una vez tuve un problema parecido y usé esta solución
http://forum.ev1servers.net/showthre...ght=mysql+load
por cierto para monitoreo te recomiendo el mrtg una herramienta grafica muy completa
http://people.ee.ethz.ch/~oetiker/webtools/mrtg/ 
p.d. si tienes problemas con el ingles con gusto te ayudo