Si usas el disco de arranque de Windows 9X, basta con ejecutar "fdisk /mbr". Pero en algunos casos (no sé por qué) es necesario reparar el arranque de Windows XP (y creo que el 2000 también). Para eso hay que entrar con el CD de WindowsXP en modo "consola de rescate" (o algo parecido) y ejecutar los comandos FIXBOOT y FIXMBR.
PD. Argh... y yo que pensé que ya nunca más tendría que recordar cómo arreglar un Windows moribundo