En principio .. PHP ni Mysql se pensó para ejecutarse "en un CD" .. son lenguajes del lado del "servidor" (caso de PHP) y un servidor en sí (de Base de datos) para el caso de Mysql ..
No es lo mismo que Flash (y/o HTML/javascript/css) que quien los ejecuta es el "cliente" .. en tu caso un navegador .. así que este toma los archivos de donde estén (una ruta TCP/IP .. por http:// o por rutas absolutas/relativas de un dispositivo de almacenamiento) .. No hay más cosas involucradas.
De todas formas tienes algunas aplicaciones que dicen hacer funcionar PHP y Mysql bajo un CD ..
Microweb
http://www.indigostar.com/microweb.htm
En realidad son pequeños servidores HTTP que ejecutan PHP en modo CGI (tenlo presente por las restricciones del modo CGI) básicamente ...
Por supuesto .. si vas a usar "Mysql" como base de datos .. Si lo haces desde un CD se ha de suponer que es "de sólo lectura" .. (por qué no vas a escribir en el CD ¬¬)
Pero recuerda que esto no es lo ideal .. si la aplicación va a ser usada y distribuida en ese CD, para eso en Flash mismo tienes la posibilidad de manejar XML .. e incluso tienes otros lenguajes própios de tipo "de escritorio" .. para crear aplicaciones multimedia (Director de Macromedia) que usan sus própios motores de Base de datos (por ejemplo Access, que todo queda en un ".mdb" y no es "servidor" como tal).
Un saludo,