Correcto. Ahora, para llamar a un método de la clase padre, no podrías hacer lo que indicas, recuerda que la clase que creamos no hereda de Fpdf, no hereda de ninguna, sino que manipula instancias de las clases hijas de Fpdf. Como lo hacemos? se me ocurre sencillamente que puedes mandarlo llamar desde cualquier clase hija, es decir, seria lo mismo:
Código PHP:
$pdf_extension_handler->SetExtension('SegundaExtension');
$pdf_extension_handler->extension->MetodoClasePadre();
//lo anterior es igual que
$pdf_extension_handler->SetExtension('TerceraExtension');
$pdf_extension_handler->extension->MetodoClasePadre();
por que tanto segunda como tercera extensión heredan del mismo padre, por lo tanto los métodos de la clase padre son compartidos por todas las clases hijas, es decir, por todas las extensiones. Por ello no importaría cual extensión este "seteada", cualquiera tiene acceso a los métodos del padre.
Si no te gusta eso, puedes hacer una referencia a la clase padre en una nueva variable interna llamada $padre y utilizarla como
Código PHP:
$pdf_extension_handler->padre->PrimerMetodoPadre()
$pdf_extension_handler->padre->SegundoMetodoPadre();
O tal vez no entendí tu pregunta, si es asi, a ver si me la puedes repetir :p