Puedes hacerlo de 2 formas..
1.- Colocar el path como variable de entorno (para que sea accesible la ruta por default en cualquier path)
pasos:
Clic con el ratón derecho sobre el icono de Mi PC y a continuación sobre Propiedades -> Opciones Avanzadas, y luego sobre el botón Variables de Entorno y desde ahi le das nueva y das la ruta del framework.
2.- La otra forma es editar el archivo .bat y poner la ruta complete del framwork:
C:\WINNT\Microsoft.NET\Framework\v1.1.4322
Checalo y cualquier cosa por aqui andamos..
Salu2