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[Cluster]

PHP sube temporalmente los archivos vía HTTP hacia un directorio temporal que detemina la directiva: upload_tmp_dir .. dicho directorio está (normalmente y así debería ser) fuera del alcanze de un "unlink()" a nivel de permisos .. tan sólo del uso de "move_uploaded_file()" (para tomar el archivo y llevartelo a donde quieras).

Es tu servidor (el S.O.) el que debería ejecutar procesos para borrar ese directorio temporal a intervalos de tiempo. Considerando que PHP al abrir el archivo para moverlo no podrá accederlo esa rutina que borre esos archivos del directorio citado ... no tendrás problemas, pues el archivo al subirlo .. inmediatamente despues incias (en el mismo script) el proceso de lectura/moverlo a su destino definitivo.

Un saludo,