¿? cuándo se metió PHP en el asunto???... PHP no tiene NADA que ver con el funcionamiento de JS... solo te debes de cuidar que sea impreso correctamente...
... si dices que copiaste las funciones y te sirven...
![Pensando](http://static.forosdelweb.com/fdwtheme/images/smilies/scratchchin.gif)
no se me ocurre otra cosa que tengas un error en tu referencia...
Ah!... creo que el archivo .js no debe de abrirse de nuevo la etiqueta <script> ... sino entrar de corrido al código... ... y pregunto ¿y ese alert?
Mucha suerte!