En principio que bueno que te sirvió y solucionaste tu problema... pero

sabes??... prueba con esto:
Código PHP:
echo "<td align=center><input type=checkbox
name=borra['".$salida[0]."'] value='Si'></td></tr>";

qué imbécil soy!!!!... jejeje... creo no habia entendido la cuestión... :-p
Suerte!