Google no muestra todos los links entrantes solo muestra algunos. Asi que no le deis mas vueltas. El las tiene en cuenta pero no las muestra.
Por eso lo mejor es usar Yahoo para conocer los links entrantes:
Entras a yahoo.com
y la caja de busqueda pones linkdomain:
www.nombre dominio.com
www.nombre dominio sera el dominio tuyo.
Y te mostrara todos los enlaces que tienes.