Tienes várias opciones:
Puedes usar DBG Debugger .. un depurador genérico que puede funcionar con vários Editores (o IDE's) para PHP.
http://dd.cron.ru/dbg/
Algunos IDE's compatibles para DBG Debugger:
Maguma (
www.maguma.com)
Y otros .. no sólo para windows también es compatible para otros IDE's o editores de código en Linux.
Zend Encoder ..
www.zend.com
Este es un IDE completo de Zend (los padres del motor de PHP) (de pago) pero de lo mejor.
Un saludo,