Me alegro de que al final se solucionaran los problemas.
Tenías instalado apache dos veces y además versiones distintas. El fichero de configuración de la versión 1.3 es incompatible con la 2.0.
Lo más práctico siempre es utilizar un paquete precompilado. Si tienes necesidades de modificar la compiación de un paquete, para añadir o quitar alguna característica lo mejor es construirnos nosotros mismos el paquete binario e instalarlo igual que uno del CD. Por último existe la posibilidad de compilar el paquete fuente estándar, pero ya has visto lo incómodo que resulta si quieres eliminarlo.
En muchos tutoriales, para ser lo más independientes de una distribución concreta de Linux cuentan el proceso de instalación y configuración desde la misma compilación y eso es lo que te ha confundido.
Este es un pequeño manual de apache para que tengas más detalles de la configuración.
Sldt