El rendimiento, si o si, tiene que aumentar tambien al cambiar la base de datos, he pensado un poco sobre la concurrencita tambien y aunque no sufriran modificaciones estructurales en el corto tiempo estas bases de datos, a lo mejor teniendolas separadas elimino un poco el problema futuro de concurrencia, pues estamos hablando de que son alrededor de 12,000 visitas diarias las que tiene este servidor...aunque no todas las paginas son dinamicas, de repente me imagino que si son las que mas trafico tienen...
Por cierto, no habia hecho pruebas con MySQL ultimamente, bueno, de hecho no conocia el MySQL Administrator, ya que siempre habia trabajado con MySQL Front para la gestion de las bases de datos, que buena herramienta, me ha dejado sorprendido la versatilidad de esta base de datos y las multiples herramientas que tiene!

de aqui en mas, no usare MS SQL si no es totalmente necesario
Salu2,