bueno... si no mandas llamar a otra pelicula...
entonces abre el archivo en donde se llama al swf
Por lo regular es un .html, puedes verlo dando en la barra de herramientas del navegador en ver/ver codigo fuente o si lo tienes en tu PC dirigete a ese archivo y con el boton derecho del raton pon: editar con o abrir con / block de notas
se vera algo asi:
<OBJECT ........
<PARAM NAME=movie VALUE="TU_ANIMACION.swf">
<PARAM NAME=quality VALUE=high>
<param name="wmode" value="transparent">
...
...
</OBJECT>
si te fijas ya esta en los parametros de la pelicula, para que sea de fondo transparente, solo graba las modificaciones que le hiciste al archivo .html y listo, existen otros parametros, pero esos los puedes ir viendo luego.