Hola,
Crea el array en el while:
Código PHP:
$fecha=array();
$cantidad=array();
while($row = mssql_fetch_array($result)){
$fecha[] = $row[0];
$cantidad[] = $row[1];
}
#The data for the line chart
$data = $cantidad; // $cantidad es ya un array
#The labels for the line chart
$labels = $fecha;
Saludos.