El problema es q estás utilizando un random de acuerdo con el número de arreglos y los arreglos comienzan de 0, los arreglos q tienes empiezan con 1, así siempre va a estar buscando (con solo 1 opcion) las url q empiecen con 0, nunca las va a encontrar a menos q el random indique el index [1].
este código es el mismo pero con los index desde 0.
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<title>Documento sin título</title>
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//Array con las imagenes
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iArray[1]="http://www.eluniversal.com/2005/02/22/iesaEXT.gif";
//Array imagen que se desplega
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dArray[0]="http://www.eluniversal.com/2005/02/22/iesaEXT.gif";
//Array con los vinculos
aArray=new Array();
aArray[0]="http://www.eluniversal.com/";
ri=Math.floor(iArray.length*Math.random());
document.write('<a href="'+aArray[ri]+'"><img border=0 src='+iArray[ri]+' onMouseOver=this.src='+dArray[ri]+' onMouseOut=this.src='+iArray[ri]+'></a>');
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Qualquier pregunta, escribeme