Hola otra vez:
A lo dicho por programeitor, falta "abrir" el documento... (tal vez no influya mucho, pero creo que es lo correcto...)
var popup=window.open('....y tal y tal....')
popup.document.open();
popup.document.write(lo del textarea)
popup.document.close()
programeitor: ¿Has probado poner overflow: auto a la capa donde se ubica el iframe... (o en su defecto al elemento que lo contenga)?
Saludos