Hola:
Supongo yo que, por comodidad, deberías poner todos los ficheros en el mismo directorio y en el directorio incluyes un .htaccess de forma que si la procedencia (REFERER) no es de tu dominio rechace la petición.
SetEnvIfNoCase Referer ".*tudominio.* origen
<Files *>
order deny,allow
deny from all
allow from env=origen
</Files>
Aquí habla un poco de order, allow y deny
Saludetes