Query sobre XQuery

[ExGaul]

Hola a todos. Necesito hacer uso de las consultas sobre xml en un proyecto que estoy realizando, y me he encontrado con XQuery; comprendo perfectamente sus conceptos y su sintaxis, pero me surgen algunas preguntas que quizá son bastante tontas, pero que en los tutoriales que he buscado no responden:
1. ¿Dónde coloco el código XQuery, en un nuevo archivo o dentro de un xsl o de un xml?
2. En caso de que sea en un nuevo archivo, ¿cómo y desde dónde lo llamo?
3. Este nuevo archivo, ¿qué estructura tendría (Es decir, cómo sería su prólogo y su cuerpo)?

De antemano gracias por la ayuda que me puedan prestar.