el primer doctype
no es valido porque no tiene un url. Internet explorer, cuando se encuentra un doctype invalido, interpreta la pagina como lo hacian los navegadores antiguos, es decir de forma no-estandar. Si tienes un doctype valido, cambia al modo estándar y me parece que eso te esta cambiando tu diseño.
Te recomiendo leas este artículo:
http://www.disenorama.com/articulos/...o_de_cajas.htm