Adriana te comento que a mi me ha pasado lo mismo que a tí, ayer aparecía mi web en primera posición y hoy no aparezco.
Tal como te ha dicho kmonk, debe ser normal.
Lo importante es que ya te ha encontrado, supongo que volveremos a aparecer dentro de unos días

.
Por lo demás, te cuento que en otros buscadores mi web sigue apareciendo en la primera posición (Yahoo, Msn, Lycos....).
Prueba a ver si en los demás buscadores apareces.
En cuanto, a los demás enlaces de tu web si haces referencia a ellos en tu pagina principal no tienes porque preocuparte ya que el robot de Google los encontrará automáticamente.
Un saludo ;)