Eso es lo malo, los mods desaparecen
Puedes hacer la actualizacion de los archivos a mano, modificando el codigo. Las modificaciones están en la actualización del patch file. El problema está en comprender los códigos del patchfile, cuándo es sustituir una linea, cuándo es añadir o quitarla..., pero cuando le coges el truco es lo más rápido. Yo hago las actualizaciones así. El patch file está pensado para hacerlo bajo linux con el comando patch, pero yo no he conseguido que funcionara asi que lo modifico a mano. La ventaja es que así no pierdo los mod, hago lo mismo que el comando patch pero poco a poco y a mano
Un saludo