¿Que tipo de conexion tienes con el servidor? Cable, adsl, dial up...
Puedes hacer un backup en tu propia máquina de los archivos si no son muchos, es que hay muchos factores en cuenta, pero si está en producción el servidor lo mejor es qu simplemente actualices php y los otros paquetes ya que la distribución en sí no suele acarrear mucho problema... Supongque sabes cómo actualizar php...
Mira es te link par aacutalizar los paquetes basicos para basesd e datos...
http://www.hostlibrary.com/installin...l_php_on_linux
Saludos