Hombre, pues no kreo q sea la solucion total, pero mira a ver si el js te sirve:
Código PHP:
<div id="capa" style="background-color:red; position:absolute; left:50px; width:30px; height:30px;"> </div>
<script>
alturaDeLaCabecera=50;
alturaDeLaVista=document.body.offsetHeight;
laCapa=document.getElementById("capa");
laCapa.style.top=alturaDeLaVista-alturaDeLaCabecera;
</script>
dime a ver que tal, no se si te he entendido bien :S