La verdad, sin ofender no entendi nada...
Una cosa, no existe target=_new, usa _Blank.
Si queres hacer un listado haces un while, y en el lo que vos quieras_
while(condicion){
...link...
}
O un do while, como mas te guste.
El link esta mal escrito (toDOOO), intenta con este:
<a href="javascript
:popup('documentos/<?php echo $idcliente."/.".$DUsr."/".$row["tipo"]."/".$result["nombre"].".tif";?>'"><?php echo $cont?></a>