Tranquilo hombre... para todo ahi solucion incluso para la muerte...
Primero que nada no existe en la practica el sitio que este completemente hecho en Flash.. recuerda que el flash se mete dentro de un html y es este el que muestra el flash y no alreves.
Con esto me refiero a que tienes que tratar el swf como si fueses una foto metida en un html.. en el cual ademas puedes meter todo lo que se suele meter en un html para darle un buen posicionamiento .. osea todos los meta tag habidos y por haber.
Ademas puedes poner texto dentro de tu html con un tamaño tan pequeño que no se vea en el diseño y del mismo color del fondo.. de esta manera los buscadores leeran el texto y de acuerdo a este mas las especificaciones que pongas en los metas .. indexaran tu pagina.
Como vez .. no hay razon de panico ..
Ademas existen otros metodos que estoy seguro que otros foreros sabran aportar...
Salu2