Juka,
Lo que estas viendo es un flash montado sobre un layer, este layer tiene una alineación 0, esto significa que estará siempre encima de toda la web.
Tienen razón en usar <param name="wmode" value=transparent>, ese parametro se lo aplicas a tu swf ya insertado en dreamweaver, perooo no todo es así de sencillo.
Tienes que crear un javascript que oculte ese layer y montarlo en tu html, mandarlo a llamar desde tu flash para que se ejecute y oculte tu animación.
CPUCPU: Aunque el layer sea transparente siempre hará caso completo a tu flash, hasta que lo mandes a ocultar con un javascript podras usar lo que esta detras del layer
Es realmente sencillo y entretenido, animense a realizarlo, aprenderán mucho
Suerte!