El tema de "indexable" .. al final cualquier CMS aunque no lo soporte "de fábrica" podrías crear tu mismo las reglas para el "mod_rewrite" que convierten los links tipo:
www.nose.tal/nose.php?id=nose&blabla=nose
que no son muy indexado por los buscadores en algo tipo:
www.nose.tal/nose/id/nose/blabla/nose
El tema de seguridad .. mm PHP-NUke por su popularidad hace que sea altamente "atacado" o dicho de otra forma .. se "investiga" mucho sobre su seguridad .. Otros CMS menos conocidos tal vez no veas reportes de "bug's" ni "sploits" pero igual los tendrán .. sólo que nadie se ha entretenido en "investigarlo".
Esperemos otras opiniones de usuarios (yo no soy usuario de CMS's ..).
Un saludo,