Lo mas facil que podrias hacer es zipear el directorio en donde estan tu pagina y ponerle un pasword al zip.
No es muy practico ya que cuando quieras usar los archivos tenes que descomprimirlos, pero es lo mas facil para poner una clave a algo.
Seguramente deben haber programas mas especificos que cumplan con lo que pedis, pero no los conozco.
